Polydaktylie - mnohoprstost se občas vyskytuje i u fretek a je důvodem k vyřazení z chovu. Standardně má fretka na předních i zadních tlapkách 5 prstů, v případě této vady jde většinou o 6. prst (velmi vyjímečně jich může být i více) na jedné, nebo i všech, tlapkách. Nadpočetný prst se může vyskytovat v několika podobách, ale nejčastěji jde o samostatný, plně vyvinutý prst. V některých případech jde o "paspárek" a nebo bývají dva prsty "srostlé" v jeden, což na první pohled při počítání prstů může působit jako zdravá tlapa, ale při důkladnějším prohlédnutí je vidět deformace jednoho prstu, většinou "palce". Tyto prsty bývají díky srůstu kůstek i s částí tlapky nehybné. Nadbytečné prsty mohou někdy zvířeti působit problémy v podobě jejich zraňování a může být nutné je odstranit, u vyvinutých prstů jde však o vcelku náročnou operaci.

Polydoncie (nadpočetné), křivé a zdvojené zuby, tyto vady se v chovu fretek vyskytují poměrně často a bývají důvodem vyřazení fretky z chovu. Nejčastěji jsou postižené řezáky, standardní počet řezáků je 6 (3 a 3), jakýkoliv jiný počet je nežádoucí. Nadpočetný řezák může být v jedné řadě s ostatními řezáky, nebo může vyrůstat nad nimi, což často způsobí i to, že jsou řezáky křivé a nebo se zdá, že rostou ve dvou řadách a překrývají se. Často bývají nadpočetné řezáky mylně označené jako "mléčné", které při přezubení nevypadly, ale není tomu tak, mléčné řezaky u freťat mají jen několik málo milimetrů a jsou skryté, nebo téměř skryté, v dásni a tak až do přezubení fretka vypadá, jako by žádné řezáky neměla, kdežto nadpočetný řezák je velikosti trvalého. Někdy bývají řezáky "zdvojené", jde o stav, kdy je zdvojená korunka vyrůstající z jednoho kořene a nebo naopak korunky splývají, ale zub má dva samostatné kořeny, v tomto případě jde o splynutí korunek. Jde o dva různé stavy, které ale mohou vypadat shodně a jednoznačně je lze rozlišit pouze RTG vyšetřením. Zdvojený řezák často vypadá jako "naštípnutý" a nebo může být oproti ostatním "silnější". Tyto vady většinou fretkám nepůsobí žádné komplikace a není potřeba je nijak řešit.

Kryptorchismus a monorchismus je vrozená porucha vývinu a nebo sestupu varlat do šourku. Kryptorchismus může být jednostranný, kdy jedno varle sestoupí do šourku a druhé zůstane ukryté, nebo oboustranný, kdy zůstanou ukryta obě varlata. Nesestouplé varle může zůstat v dutině břišní, ale častěji je "zaseklé" v tříselném kanálku blízko šourku a lze ho snadno nahmatat. Monorchismus je vada, při které došlo k vývinu pouze jednoho varlete a druhé vůbec neexistuje. Tato vada není jen "estetická", ale nese s sebou i zvýšená zdravotní rizika pro postižené jedince, nesetouplé varle je v nepřirozeném prostředí vystaveno vyšší teplotě a často dochází k rakovinnému bujení, proto je na místě ve vhodném věku přitoupit ke kastraci včetně vyjmutí nesestouplého varlete. Není pravda, že by jedinci s kryptorchismem a monorchismem, kteří mají jedno varle, byli neschopní páření nebo neplodní, ovšem v obou případech jde o dědičnnou vadu, která se přenáší na potomstvo, na samce přímo a samice jí dále přenáší, proto by takoví jedinci neměli být nikdy zařazeni do chovu. Stejně tak není pravda, že varlata sestupují až se začátkem říje, varlata jsou viditelná i hmatná, ačkoliv ještě malá, už u fretek před odběrem a i když se může stát, že nesestouplé varle s příchodem říje ještě sestoupí, není to pravidlem a stává se to spíš vyjímečně.

Krátký a deformovaný ocas je také jednou z dědičných vad, ačkoliv se může zdát jako banální a zanedbatelná, není tomu tak. Standardní délka ocasu by měla být 1/3 délky těla (od čumáku ke kořeni ocasu), ocas je po celé délce rovný a ohebný, bez srůstů, zálomků a "uzlíků". Ocas je "prodloužená páteř" a jestliže jsou patrné deformace na obratlích v ocase, nelze vyloučit ani deformace jiných obratlů. Malá nepravidelnost na konci ocasu zvířeti většinou nepůsobí potíže, ale deformovaný obratel, kterým probíhá mícha, může postiženému zvířeti způsobovat zdravotní potíže a bolesti. Někdy se stane, že samice při porodu spolu s pupeční šňůrou omylem překousne mláděti i ocas, v tomto případě tedy nejde o vrozenou vadu, ale v pozdějším věku se jen těžko prokazuje, jestli je vada vrozená a nebo získaná.

Vrozená hluchota je u zvířat spojena s bílou barvou srsti, ale nejde o albinismus. V případě fretek se váže na bílé znaky na hlavě - blaze/badger, panda a DEW. U fretek s bílou lysinkou (slabým proužkem) - blaze není hluchota příliš častá, ale vyskytuje se také, daleko častější bývá u fretek badger - silný jezevčí pruh a dá se říci, že u všech fretek v barvě panda a DEW, kde se bílá barva vyskytuje i v oblasti uší. U DEW fretek je ještě potřeba odlišit, jestli jde o fretky, které se jako DEW narodily a nebo postupem času vybělily třeba ze silvermitt, kterých se hluchota netýká. Hluchota může být oboustranná i jednostranná, jednostranná se v domácích podmínkách nedá nijak vyloučit ani potvrdit, problematické a zavádějící to bývá i u hluchoty oboustranné, proto jediným 100% řešením je BAER test. BAER spočívá v měření elektrické aktivity ve sluchovém aparátu vnitřního ucha v závislosti na zvukovém impulsu. Co se týče vrozené predispozice pro hluchotu, spousta lidí se mylně domnívá, že pokud nakryje hluchou fretku, budou jejich mláďata hluchá a nebo pokud nakryjí třeba slyšící blaze fretku, že freťata budou slyšící, ale není tomu tak. Stejně jako hluchá fretka bude mít ve vrhu i slyšící mláďata = mláďata bez bílých znaků, popřípadě s jemnými znaky, tak i slyšící blaze fretka bude mít ve vrhu fretky hluché = fretky s rozsáhlejšími bílými znaky, stále jde totiž o jeden a ten samý gen. Fretky s touto vadou bývají běžně uchovněné i bez vyšetření sluchu, jsou ale i kluby, které chov na takových fretkách nepodporují a fretky s bílými znaky do chovu nepustí, je tedy na zvážení každého, zda bude fretky odchovávat i s tímto rizikem a nebo ne.